História školy siaha do roku 1962, kedy bolo zriadené Učnovské stredisko ZKL Skalica, ktoré sa v roku 1963 zmenilo na Odborné učilište ZKL Skalica. Vychovávalo kvalifikovaných robotníkov pre potreby ZKL Skalica, ktoré bolo súčasťou ZKL Brno. V roku 1965 sa zo závodu stal podnik ZVL Skalica a Odborné učilište bolo jeho organizačnou súčasťou.
V roku 1966 učilište získava nové priestory pre teoretické vyučovanie a domov mládeže. Dňom 1.1.1991 sa Stredné odborné učilište strojárske Skalica stáva samostatnou príspevkovou organizáciou, riadenou Ministerstvom hospodárstva.
V súlade so zákonom o decentralizácii verejnej správy SOU prešlo dňom 1.7.2002 do pôsobnosti Trnavského samosprávneho kraja. Zároveň vznikla Združená stredná škola Skalica, ktorá združovala Stredné odborné učilište (pôvodné) a Strednú priemyselnú školu, ktorá je zameraná na študijný odbor strojárstvo. 

Dňom 1.9.2008 sa zmenil názov školy a zo Združenej strednej školy sa stáva Stredná odborná škola strojnícka.